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Q-PCR實(shí)驗流程
一、①實(shí)驗前準備,每天早上到實(shí)驗室后,先把超凈工作臺的紫外燈打開(kāi)15-20分鐘。②超凈臺前做實(shí)驗,需佩戴干凈的橡膠手套/一次性薄膜手套,RNA抽提需帶口罩。③取EP管/槍頭時(shí)需用鑷子,不可以用使用過(guò)的手套直接取用。取完EP管/槍頭后,袋子及時(shí)封好。④橡膠手套須放入超凈臺照射紫外,實(shí)驗操作過(guò)程中不得帶出超凈臺,移液器在一天工作結束后調至最大量程,并用75%乙醇清潔移液器,槍頭盒及超凈臺面。⑤實(shí)驗進(jìn)行的過(guò)程中或觀(guān)看實(shí)驗時(shí),沒(méi)有帶口罩不要在超凈臺前講話(huà)。
二、總RNA抽提
1)細胞培養皿中細胞樣品用1*PBS洗兩次后,用1ml槍將PBS吸干凈,加入1ml Trizol (Invitrogen)溶液,吹打混勻,并吸至1.5ml RNase free EP管中使細胞充分裂解,室溫靜置5min;
組織樣品用液氮充分研磨,加入1ml Trizol (Invitrogen)溶液,混勻,室溫放置5min使其充分裂解;(管蓋與管壁都需標記樣品名稱(chēng))
2)加入200μl氯仿,劇烈振蕩混勻30s,使水相和有機相充分接觸,室溫靜置3-5min;(離心時(shí)離心管按順序排放,離心完畢,離心管的順序也按順序排好,與第一步的順序一致)
3) 4℃下,14,000g離心15min,可見(jiàn)分為三層,RNA在上層水相,移至另一個(gè)新的RNase free EP管;(用20-200ul的槍吸取上清,吸上清時(shí),槍頭應沿著(zhù)液面上層吸取上清,槍頭不可碰到、吸到中間層)
4)沉淀RNA:加入等體積異丙醇,輕柔地充分混勻(顛倒6-8次)(不應用振蕩器混勻),室溫靜置10min;
5)4℃下,14,000g離心10min,收集RNA沉淀(如離心后仍不見(jiàn)EP管底部有沉淀,應將EP管放置在-80度冰箱過(guò)夜,繼續在4℃下,14,000g離心10min,收集RNA沉淀),去上清;
6)用75%乙醇洗滌兩次(12,000g離心5min)(加入乙醇后只需輕輕顛倒EP管即可,不用振蕩器震蕩或槍頭吸打沉淀),超凈臺風(fēng)干;沉淀不能過(guò)干或過(guò)濕,過(guò)干則不易溶解,過(guò)濕則乙醇殘留。
7)視沉淀量加入適量DEPC水(至少15ul)溶解沉淀。
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三、去基因組
使用RNase-free的DNase ?(Promega),按以下體系配置反應液,37℃消化30min,65℃滅活10min。
百度百科里有:
Realtime PCR(實(shí)時(shí)定量PCR)
定量PCR已經(jīng)從基于凝膠的低通量分析發(fā)展到高通量的熒光分析技術(shù),即實(shí)時(shí)定量PCR。實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)于1996年由美國Applied Biosystems公司推出,由于該技術(shù)不僅實(shí)現了PCR從定性到定量的飛躍,而且與常規PCR相比,它具有特異性更強、有效解決PCR污染問(wèn)題、自動(dòng)化程度高等特點(diǎn)。實(shí)時(shí)定量PCR (real-time quantitative PCR)是指在PCR指數擴增期間通過(guò)連續監測熒光信號強弱的變化來(lái)即時(shí)測定特異性產(chǎn)物的量,并據此推斷目的基因的初始量,不需要取出PCR產(chǎn)物進(jìn)行分離。目前實(shí)時(shí)定量PCR作為一個(gè)極有效的實(shí)驗方法,已被廣泛地應用于分子生物學(xué)研究的各個(gè)領(lǐng)域。
實(shí)時(shí)熒光定量PCR 技術(shù)的主要應用:
1. DNA 或RNA 的絕對定量分析:包括病原微生物或病毒含量的檢測,轉基因動(dòng)植物轉基因拷貝數的檢測,RNAi 基因失活率的檢測等
2. 基因表達差異分析:例如比較經(jīng)過(guò)不同處理樣本之間特定基因的表達差異(如藥物處理、物理處理、化學(xué)處理等 ),特定基因在不同時(shí)相的表達差異以及cDNA 芯片或差顯結果的確證
3. 基因分型:例如SNP 檢測,甲基化檢測等
Realtime PCR 常用的兩種方法分別為:Sybr green(熒光染料摻入法) 和Taqman probe (探針?lè )ǎ?/p>
SYBR green
在PCR反應體系中,加入過(guò)量SYBR熒光染料,SYBR熒光染料特異性地摻入DNA雙鏈后,發(fā)射熒光信號,而不摻入鏈中的SYBR染料分子不會(huì )發(fā)射任何熒光信號,從而保證熒光信號的增加與PCR產(chǎn)物的增加完全同步。
此方法適用:
1、靈敏度高:使用SYBR可使熒光效果增強到1000倍以上
2、通用性好,不需要設計探針,方法簡(jiǎn)便,省時(shí),價(jià)格低廉。
3、通用型方法,在國內外科研中普遍使用。
4、高通量大規模的定量PCR檢測
5、專(zhuān)一性要求不高的定量PCR檢測。
Taqman Probe
PCR擴增時(shí)在加入一對引物的同時(shí)加入一個(gè)特異性的熒光探針,該探針為一寡核苷酸,兩端分別標記一個(gè)報告熒光基團和一個(gè)淬滅熒光基團。探針完整時(shí),報告基團發(fā)射的熒光信號被淬滅基團吸收;PCR擴增時(shí),Taq酶的5'-3'外切酶活性將探針酶切降解,使報告熒光基團和淬滅熒光基團分離,從而熒光監測系統可接收到熒光信號,即每擴增一條DNA鏈,就有一個(gè)熒光分子形成,實(shí)現了熒光信號的累積與PCR產(chǎn)物形成完全同步
此方法適用:
1、具有高適應性和可靠性,實(shí)驗結果穩定重復性好,特異性更高。
2、適用于擴增序列專(zhuān)一的體系的檢測。
3、樣品中靶基因含量過(guò)低的定量PCR檢測。
4、靶基因的特異序列較短,無(wú)論怎樣優(yōu)化引物設計條件都不能解決。
5、存在與靶基因同源的序列,在PCR中容易出現非特異性擴增,對特異性要求較高的定量。
6、廣泛用于人類(lèi)傳染病的診斷和病原定量,在動(dòng)物病原體基因的檢測,畜禽產(chǎn)品的檢驗檢疫,生物制品的鑒定。
(來(lái)源:GENELIFE Biotech 基萊生物)
QPCR 問(wèn):什么是QPCR?答:QPCR的英文全名是Real-time Quantitative PCR Detecting System。
即實(shí)時(shí)熒光定量核酸擴增檢測系統,也叫實(shí)時(shí)定量基因擴增熒光檢測系統,簡(jiǎn)稱(chēng)QPCR。問(wèn):QPCR、DNA檢測、PCR之間的關(guān)系?答:聚合酶鏈式反應(Polymerase Chain Reaction簡(jiǎn)稱(chēng)PCR)原理憑借敏感、特異、快速的特點(diǎn)榮獲93年諾貝爾化學(xué)獎。
因其在病原體檢測方面的獨特優(yōu)勢,因而發(fā)達國家在相關(guān)方法和儀器方面的研發(fā)非常快,成為分子生物學(xué)診斷的主流,至今仍處于學(xué)術(shù)和應用前沿:第一代產(chǎn)品:基因擴增熱循環(huán)儀(DNA Thermal Cycler)+電泳儀+紫外分析儀+定性試劑,構成PCR定性檢測。第二代產(chǎn)品:基因擴增熱循環(huán)儀+熒光儀+終點(diǎn)定量試劑,構成PCR-DNA終點(diǎn)法定量檢測(End-point quantitative PCR detection),又分為終點(diǎn)酶免定量( End-point ELISA-PCR)和終點(diǎn)熒光定量(End-point Fluor-PCR)兩種。
第三代產(chǎn)品:實(shí)時(shí)定量QPCR儀+實(shí)時(shí)熒光定量試劑,構成QPCR-DAN/RNA實(shí)時(shí)熒光定量檢測。問(wèn):相比以前的方法,QPCR有哪些特點(diǎn)?答:QPCR至少有以下特點(diǎn):所用儀器少,只用一臺儀器。
檢測時(shí)間短,只須45分鐘~1小時(shí)10分鐘(試劑各異),而定性PCR須3~4小時(shí),酶免終點(diǎn)定量須6~8小時(shí),熒光終點(diǎn)定量須2~3小時(shí)。操作極其簡(jiǎn)單:前處理后,樣本插入儀器一小時(shí)后到電腦上來(lái)出報告即可,無(wú)須開(kāi)蓋,移樣本(以前方法),避免污染。
結果精確:定性PCR只能定性,很粗略,終點(diǎn)定量PCR由于只能在40個(gè)熱循環(huán)結束后檢測熒光,被測熒光達到飽和導致定量不夠精確,屬于半定量狀態(tài)。而實(shí)時(shí)熒光QPCR是在擴增的每時(shí)每刻連續檢測各樣本的熒光值的變化,如圖一所示: 圖一 西安天隆TL988實(shí)際曲線(xiàn)1檢測動(dòng)態(tài)范圍:10~10000000000 DNA copies/ml檢測精度:0.1RLU辨別率:5000和10,000個(gè)模板拷貝樣本的辨別率99.7%。
問(wèn):QPCR的技術(shù)先進(jìn)性、價(jià)格及應用現狀?答:實(shí)時(shí)熒光QPCR是當今世界用于臨床的最先進(jìn)核酸分子診斷技術(shù),被美國FDA承認并推崇,被美國FDA批準并取得臨床應用執照的QPCR試劑品種有:HBV乙肝病毒DNA,HCV丙肝病毒RNA,HIV艾滋病病毒RNA,Chlamydi trachomatis(CT),性傳播疾病,沙眼衣原體,Neiserria gonorrhea(NG),性傳播疾病,淋病雙球菌,Cytomegalovirus(CMV),性傳播疾病,巨細胞病毒,Mybobacterium tuberculosis(Mtb),呼吸道疾病,結核分支桿菌等。實(shí)時(shí)熒光PCR儀研發(fā)技術(shù)難度大,門(mén)檻高,發(fā)達國家也只有有限幾家知名公司生產(chǎn),且售價(jià)昂貴:如美國ABI/7700-120萬(wàn)元,美國ABI/5700-50萬(wàn)元,瑞士Roche/Lightcycler-70萬(wàn)元,美國Stratagene公司2005年新品MX3005P-80萬(wàn)元 可見(jiàn),在病人看來(lái),哪家醫院應用了QPCR技術(shù)便是先進(jìn)診斷技術(shù)的象征,在發(fā)達國家也是如此。
國產(chǎn)儀器情況:國產(chǎn)儀器生產(chǎn)單位不超過(guò)五家,其中包括:日本獨資杭州博日實(shí)時(shí)熒光QPCR儀(33孔)西安天隆科技有限公司TL988實(shí)時(shí)熒光QPCR儀(48孔) 以上產(chǎn)品均取得國家SFDA認證,報價(jià)均在45萬(wàn)以上。 國產(chǎn)試劑情況:多家公司生產(chǎn)實(shí)時(shí)熒光QPCR試劑盒,價(jià)格與終點(diǎn)法試劑相當,且品種齊全,價(jià)格便宜,購買(mǎi)方便:乙肝HBV-DNA,丙肝HCV-RNA,艾滋AIDSHIV-RNA,性病系列:淋病雙球菌NG、沙眼衣原體CT、解脲支原體UU、皰疹病毒HSV、人體乳頭瘤HPV,優(yōu)生優(yōu)育系列:巨細胞病毒CMV、弓形蟲(chóng)COX等。
編輯詞條 開(kāi)放分類(lèi):病毒、DNA、PCR、分子生物、實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀 參考資料: 1. /pcr%D2%C7 2. 貢獻者:zhang120jing、弦之月NONO。
有五種,分別是:
1、比率分析法。根據不同數據做對比,得出比率。
2、趨勢分析法。根據一階段某一指標的變動(dòng)繪制趨勢分析圖。
3、結構分析法。根據某一指標占總體的百分比來(lái)觀(guān)察。
4、相互對比法。選取某兩個(gè)指標作為一組進(jìn)行對比。
5、數學(xué)模型法。建造適合某一指標的數學(xué)模型來(lái)觀(guān)察指標的變化。
以上五種定量分析方法,比率分析法是基礎,趨勢分析、結構分析和對比分析等方法是延伸,數學(xué)模型法代表了定量分析的發(fā)展方向。
拓展資料:
定量分析法(quantitative analysis method)是對社會(huì )現象的數量特征、數量關(guān)系與數量變化進(jìn)行分析的方法。在企業(yè)管理上,定量分析法是以企業(yè)財務(wù)報表為主要數據來(lái)源,按照某種數理方式進(jìn)行加工整理,得出企業(yè)信用結果。定量分析是投資分析師使用數學(xué)模塊對公司可量化數據進(jìn)行的分析,通過(guò)分析對公司經(jīng)營(yíng)給予評價(jià)并做出投資判斷。定量分析的對象主要為財務(wù)報表,如資金平衡表、損益表、留存收益表等。其功能在于揭示和描述社會(huì )現象的相互作用和發(fā)展趨勢。
百度百科-定量分析
化學(xué)檢測的方法有哪些
一般分有機顏料,如酞青綠等;無(wú)機顏料如氧化鐵紅、鈦白;染料如還原桃紅、分散橙等.聚烯烴、PVC色母粒采用的是顏料,一般說(shuō)染料不可用于聚烯烴著(zhù)色,否則會(huì )引起嚴重遷移.
二、分散劑主要對顏料表面進(jìn)行潤濕,有利于顏料進(jìn)一步分散,并穩定在樹(shù)脂中,同時(shí)必須與樹(shù)脂相容性好,不影響著(zhù)色產(chǎn)品品質(zhì).聚烯烴色母粒分散劑一般采用低分子量聚乙烯蠟或硬酯酸鋅等.工程塑料色母粒分散劑一般采用有極性低分子量聚乙烯蠟、硬酯酸鎂、硬酯酸鈣等.三、載體樹(shù)脂
使顏料均勻分布并使色母粒呈顆粒狀.選擇載體需考慮與被著(zhù)色樹(shù)脂的相容性,還要考慮母粒應有良好分散性,因此載體的流動(dòng)性應大于被著(zhù)色樹(shù)脂,同時(shí)被著(zhù)色后不影響產(chǎn)品質(zhì)量.如選用熔體指數較大的同類(lèi)高聚物,使母粒的熔體指數較高于被著(zhù)高聚物,以保證最終制品的色澤一致.
如果你指的是定量分析化學(xué),分析方法有重量法和滴定法
重量法包括沉淀重量法、氣化法、電解法、萃取法等,重量分析方法適合于常量分析,相對誤差較小,但操作繁瑣,耗時(shí)較長(cháng)。
滴定法包括酸堿滴定、配合滴定、氧化還原滴定、沉淀滴定四種方法。該方法簡(jiǎn)便、快速、有足夠的準確度,相對誤差較小,主要用于常量組分測定,但需要特定的指示劑。
有時(shí)候吸光光度法也被劃入化學(xué)分析的范疇,主要是因為吸光度測定前通常需要一個(gè)配合顯色的過(guò)程,這是一個(gè)化學(xué)過(guò)程。
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